Desde que foi criado, o Coaf sempre fez parte do extinto Ministério da Fazenda (absorvido pelo atual Ministério da Economia), mas no início de seu mandato, o presidente Jair Bolsonaro o passou para o da Justiça. No entanto, a comissão mista que avaliou a proposta e a Câmara devolveram o conselho para o Ministério da Economia.
A proposta de transferência do Coaf para o Ministério da Economia não contava com o apoio do ministro da Justiça, Sergio Moro, que reivindicava sua manutenção dentro de sua pasta.
O órgão acabou, assim, virando fonte de desgaste para o governo.
No entanto, se fossem feitas alterações na versão que veio da Câmara, o texto teria que voltar à casa, pondo em risco a versão completa da MP, que incluía a redução de 29 para 22 ministérios, medida implantada por Bolsonaro no início do mandato e uma de suas promessas de campanha.
Por isso, o presidente chegou a enviar uma carta aos senadores para tentar convencê-los a aprovar a proposta.
Moro sai enfraquecido dessa queda de braço, já que considerava o Coaf estratégico no combate à corrupção.